Patogen er et samlebelegg for mikroorganismer og parasitter som kan forårsake sykdom. Mikroorganismer står for de aller fleste, inkludert virus, klamydia, rickettsia, mycoplasma, bakterier, spirochetes og sopp; parasitter inkluderer hovedsakelig protozoer og ormer. Patogener er parasittiske organismer, og de naturlige vertene parasitert er dyr, planter og mennesker. Det er mer enn 400 typer mikroorganismer som kan infisere mennesker, og de er allment tilstede i menneskelig munn, nese, svelg, fordøyelseskanalen, urogenital kanal og hud.
Alle kan bli smittet av mer enn 150 typer patogener i livet. Under tilstanden til normal menneskelig immunfunksjon vil de ikke forårsake sykdom, og noen er til og med gunstige for menneskekroppen. For eksempel kan tarmfloraen (E. coli, etc.) syntetisere flere vitaminer. Eksistensen av disse flora kan også hemme reproduksjon av noen mer patogene bakterier, slik at disse mikroorganismer kalles normal mikrobiota (normal flora). Men når kroppens immunitet reduseres, er balansen mellom mennesker og mikroorganismer Når den ødelegges, kan den normale floraen også forårsake sykdommer, slik at de også kalles betingede patogener (betingede patogener). Hvorvidt kroppen blir angrepet av et patogen eller ikke, på den ene siden, er relatert til sin egen immunitet, derimot, avhenger det også av patogenets patogenitet og antall invasjoner. Generelt, jo større antall, jo større er muligheten for sykdom. Spesielt krever patogener med svakere patogenitet en større mengde for å forårsake sykdom. Noen mikroorganismer er ganske patogene og kan forårsake sykdom med lysinfeksjoner, som pest, kopper og rabies.