Flytende kromatografi med høy ytelse (HPLC)

Selv om todimensjonal gelelektroforese (2-DE) er en vanlig metode for å analysere hele proteomet, har den begrensninger som begrenset separasjonsevne, diskriminerende effekt og kompliserte driftsprosedyrer. Det er ofte vanskelig å oppnå tilfredsstillende resultater for analyse av stort dynamisk område, lav overflod og hydrofobe proteiner. Chong et al. brukte HPLC/massespektrometri til å sammenligne og analysere differensialuttrykket for pre-ondartede og kreftproteiner. Proteinet ble separert av HPLC, og de innsamlede brøkene ble identifisert av MALDI-TOF-MS, slik at proteinet ble kvantitativt analysert i differensialuttrykket til de to typene celler. Som en ny type separasjonsteknologi har ikke flerdimensjonal flytende kromatografi begrensningen av relativ molekylær masse og isoelektrisk punkt. Gjennom kombinasjonen av forskjellige moduser eliminerer den den diskriminerende effekten av todimensjonal gelelektroforese. Den har egenskapene til høy toppkapasitet og enkel automatisering. Todimensjonal ionutveksling-omvendt fase kromatografi (2D-IEC-RPLC) er det mest brukte flerdimensjonale væskekromatografiseparasjonssystemet i proteomics forskning.