Gener med spesielle funksjoner "flyter" til lignende ville plantestammer, noe som gjør dem motstandsdyktige mot ugressmidler og vanskelig å kontrollere; eller forårsaker å produsere antistoffer mot insektmidler. I tillegg kan noen små skapninger bli utryddet etter å ha spist genmodifiserte planter med insektmidler. Tilhengerne påpekte at landbruksproduksjonen i seg selv er en aktivitet som skader miljøet, og genmodifiserte avlinger vil ikke forårsake mer skade på miljøet enn tradisjonelt landbruk. Planter har evnen til å motstå insekter, og bønder kan redusere sprøyting av insektmidler, noe som er gunstig for miljøet og biologisk beskyttelse.
Slike tvister er ikke lett å trekke konklusjoner på kort tid. Striden om genmodifiserte avlinger bør sies å være et normalt fenomen. Først av alt er de nyutviklede variantene selv ikke perfekte, og deres mid- til langsiktige effekter på menneskekroppen og miljøet gjenstår å se. Folk uttrykker sine bekymringer av legitime grunner. For det andre vil det alltid være noen konservative mennesker som ikke er vant til nye teknologiprodukter og nekter å akseptere dem. Så er det virkningen av handelskonflikter av interesse. Regjeringene og interessegruppene i enkelte land bruker utilstrekkeligheten av genmodifiserte matvarer for å bekjempe handelskriger, noe som gjør ting mer komplisert.