De som motsetter seg genmodifisert mat involverer et bredt spekter av interessegrupper, fra Greenpeace til bondeforeninger til kristne kirker, og så videre. Deres opposisjon er konsentrert på tre områder:
For det første er genetisk modifikasjon mot naturen og derfor skadelig. Tilhengerne retort at dagens avlinger ikke lenger er primitive varianter, ellers bør grønnsakene som folk spiser være de samme som gresset som dyr spiser.
For det andre, etter at gener med ugressmiddelresistens eller giftige skadedyrsdrapsfunksjoner blir introdusert i planter, er maten de gir trygg for mennesker? Som svar på dette punktet understreket tilhengerne at til nå har ingen kvalifiserte forskningsinstitusjoner funnet bevis for at genmodifiserte matvarer skader menneskers helse, men deres langsiktige innvirkning kan bare utledes, og det er vanskelig å få omfattende bevis for å overbevise folk.
For det tredje, er det mulig at fremme av genmodifiserte planter for hastverk påvirker landbruket og det økologiske miljøet? Fremme av genmodifiserte avlinger som er motstandsdyktige mot ugressmidler kan oppmuntre bønder til å overbruke ugressmidler, forårsaker noen ikke-viktigste avlinger å bli skadet eller utdødd. Mange bønder i utviklingsland har brukt slike ikke-viktigste avlinger som supplerende mat eller som fôr. Den amerikanske fiskeri- og viltforvaltningen har oppdaget at 74 plantearter er rammet av ugressmidler og er truet.