De som er imot genetisk modifisert mat involverer et bredt spekter av interessegrupper, fra Greenpeace til bønder' assosiasjoner til kristne kirker, og så videre. Motstanden deres er konsentrert på tre områder:
For det første er genetisk modifisering mot naturen og derfor skadelig. Tilhengerne svarte at i dag er 39 s avlinger ikke lenger primitive varianter, ellers bør grønnsakene som folk spiser være det samme som gresset som dyr spiser.
For det andre, etter at gener med ugressmiddelresistens eller giftige skadedyrdrepende funksjoner er introdusert i planter, er maten de gir trygge for mennesker? Som svar på dette understreket tilhengerne at til nå har ingen kvalifiserte forskningsinstitusjoner funnet bevis for at genetisk modifiserte matvarer skader menneskers helse, men deres langsiktige innvirkning kan bare utledes, og det er vanskelig å skaffe omfattende bevis for å overbevise mennesker.
For det tredje, er det mulig at markedsføring av genetisk modifiserte planter for raskt påvirker jordbruket og det økologiske miljøet? Fremme av genetisk modifiserte avlinger som er motstandsdyktige mot herbicider, kan oppmuntre bønder til å overbruke herbicider, og derved skade eller til og med utslette noen avlinger som ikke er hovedavlinger. Mange bønder i utviklingsland har brukt slike ikke-hovedavlinger som tilskuddsmat eller som fôr. US Fisheries and Wildlife Administration har oppdaget at 74 plantearter er truet av effekten av ugressmidler.
