Fluorescensmikroskop og vanlig mikroskop har følgende forskjeller
1. Belysningsmetoden er vanligvis epi-belysning, det vil være at lyskilden projiseres på prøven gjennom objektivlinsen;
2. Lyskilden er ultrafiolett lys, bølgelengden er kortere, og oppløsningen er høyere enn for vanlige mikroskoper;
3. Det er to spesielle filtre. Den foran lyskilden brukes til å filtrere ut synlig lys, og den mellom okularet og objektivlinsen brukes til å filtrere ut ultrafiolette stråler for å beskytte menneskelige øyne.