Begrepet proteom ble først foreslått av Marc Wilkins. Det refererer til alle proteiner uttrykt av et genom (Genome), eller en celle eller vev. Begrepet proteome har mange forskjeller med begrepet genom. Organisasjonen og til og med miljøtilstanden endres. Under transkripsjon kan et gen spleises i flere mRNA-former. Et proteom er ikke et direkte produkt av et genom. Antall proteiner i proteomet kan noen ganger overstige antall genomer. Proteomics er i en tidlig "utvikling" tilstand. Eksperter på dette feltet benekter at det er en ren metodikk. Akkurat som genomikk, er det ikke et lukket, konseptualisert og stabilt kunnskapssystem, men et felt.
