Det er to hovedaspekter, den ene er strukturell proteomics, og den andre er funksjonell proteomics. Dens forskning grenser er grovt delt inn i tre områder:
(1) Etablere proteome eller subproteom og dens proteome koblingsgruppe for organismer eller vevceller relatert til genom- eller transkripsjonsdatabasen, det vil si konstitutive proteomikk.
(2) Utfør lokale proteomikk eller komparative proteomics av viktige fysiologiske og patologiske systemer eller prosesser for viktige livsprosesser eller store menneskelige sykdommer.
(3) For å studere samspillet mellom proteiner gjennom en rekke avanserte teknologier og kartlegge proteinene i et bestemt system, det vil si interaktive proteomics, også kjent som "celle atlas" proteomics.
I tillegg, med dypere proteomics forskning, noen nye forskningsretninger har dukket opp, som subcellulære proteomics og kvantitative proteomics. Proteomics er en viktig forskningsmetode for systembiologi.