Per 2013 er det ingen klar klassifisering av genmodifiserte matvarer, og ulike klassifikasjoner kan gjøres i henhold til ulike standarder i henhold til praksis.
Ifølge om den genmodifiserte maten inneholder genmodifisert kilde som standard, kan den deles inn i følgende tre forskjellige typer:
(1) Genmodifiserte matvarer som ikke inneholder genmodifiserte matvarer refererer til matvarer som er avledet fra genmodifiserte organismer, men produktene selv inneholder ikke noen overførte gener.
(2) Genmodifiserte matvarer inneholder genmodifiserte ingredienser, men deres egenskaper har blitt endret under behandlingen, og de overførte aktive genene eksisterer ikke lenger i genmodifiserte matvarer.
(3) Genmodifiserte matvarer inneholder aktive genetiske komponenter. Etter at folk spiser slike genmodifiserte organismer eller mat, vil de overførte genene og organismenes iboende gener påvirke menneskekroppen.